El 17 de mayo de 1990 el Profesor Puigvert muere. En esta época, la Fundació está muy bien posicionada en el entorno sanitario, ha crecido en dotación y medios; mantiene -sin subvenciones de ningún tipo- un equilibrio económico y financiero adecuado; ha desarrollado nuevas técnicas asistenciales (litotricia extracorpórea, cirugía endourológica con láser, registro informatizado para el estudio de la impotencia, tratamientos de reproducción asistida ...) pero sobre todo, ha consolidado un modelo de gestión y unas fórmulas organizativas singulares.
Así, desarrolla plenamente "sus" especialidades y lleva a cabo sus actividades a través de equipos multidisciplinarios, cuyas otras especialidades avanzan y se expanden para ayudar cada vez más y mejor a los urólogos, los nefrólogos y los andrólogos .
En esta etapa, ocurre el "primer cambio generacional" en el liderazgo médico especializado. En 1992, el Dr. Pedro Barceló sustituye al Dr. Gerardo del Río en la Dirección del Servicio de Nefrología, en 1994, el Dr. José Vicente accede a la Dirección del Servicio de Urología y sustituye el Dr. Norberto Mallo, y en 1994, el Dr. Josep M. Pomerol Monseny accede a la Dirección del Servicio de Andrología que ocupaba su padre, el Dr. Josep M. Pomerol Serra.
Los doctores Barceló, Vicente y Pomerol coronaron así su desarrollo profesional en la institución, donde años antes habían iniciado su formación como especialistas.
También en los años noventa, en el ámbito sanitario catalán, se promulga la Ley de ordenación sanitaria de Cataluña (LOSC), se crea el Servei Català de la Salut (SCS); se elabora el Plan de Salud y se prepara el Plan de servicios, y se plantean varios retos: la coordinación de la asistencia primaria y la hospitalaria, la conveniencia de la gestión asistencial integral y la necesidad de organizar los hospitales como empresas de servicios.
En este entorno -muy dinámico- al que deben adaptarse los proveedores del Servei Català de la Salut, la Fundació decide flexibilizar sus estructuras organizativas. Así, se acerca a la población y situa el enfermo como eje vertebrador. De esta manera se profundiza en una dinámica orientada a los procesos y se implanta un modelo de "gestión clínica", en el que implica a los médicos en la toma de decisiones. Por otra parte, con la colaboración de los profesionales, se modifican diversos aspectos de la dirección de los servicios médicos, lo que permite identificar las líneas de mejora humanas, técnicas y económicas.
